El análisis estructural del edificio establece la sección constructiva reflejando ambas alturas, la superior sobre el terreno y la cripta enterrada entre muros de contención de las tierras circundantes.
El edificio combina tres materiales diferentes en la ejecución de sus muros y elementos estructurales:
Granito
Están realizados en piedra granítica local las fachadas principales de la cripta y seguramente toda la planta superior que se encontraba sobre rasante y a la vista: Los muros de contención de la planta inferior están realizados en mampostería de granito y también están realizados con losa granítica la piscina y los solados de la cripta, y seguramente el piso perdido de la planta superior.
Mármol
Las columnas de los pórticos que apean la bóveda inferior son en mármol, con toda probabilidad de la cantera de O Incio.
Cerámico
Las bóvedas, tanto la inferior, con la superior, así como los muros que las soportan y los arcos de los pórticos inferiores como los de las puertas de la fachada de la cripta y la de comunicación entre los corredores y la escalera están realizadas con ladrillos cerámicos, seguramente traídos desde fuera de Galicia por los artesanos que construyeron el santuario. La utilización este material en los elementos más singulares permite imaginar un conocimiento foráneo al común en la Gallaecia romana.
La combinación en los elementos estructurales de cada material descrito permite aprovechar las características técnicas específicas de cada uno. La utilización del mármol en las columnas interiores se debe, con toda probabilidad a la necesidad de realzar el lugar donde el devoto recibe el bautismo.
El análisis estructural se ha realizado utilizando el software de cálculo estructural, térmico, fluidos y magnetismo, basado en elementos finitos, Ansys Multiphysics en el Departamento de Tecnología de la Construcción.
a)Un fallo en la cimentación de los pilares centrales, que se apoyan en un suelo literalmente encharcado por agua en curso, y que con el paso del tiempo debilita el firme sobre el que se apoyan los cuatro pilares de la cripta escasamente arriostrados entre sí.
b)Un pequeño desplazamiento en los soportes hace que la combinación de pórticos y bóveda de que consta el edifico colapse, derrumbándose la parte central del edificio. La bóveda se encuentra abierta en su parte central lo que la hace inestable a posibles desplazaminetos del soporte.